ポケモンGOの公式サポートサイトに「アカウント停止に対する申し立て」の項目が追加されたようです。

現在ログインいただいているアカウントについて、 Pokémon GO利用規約の違反が確認されましたので、永久に停止いたしました。これは、不正に位置情報の操作、エミュレーターの使用、改造・非公式ソフトウェアの使用、サードパーティーソフトウェアを使用したPokémon GOへの不正なアクセスなどが含まれており、また、これらに限定しない、他の手段も含みます。

Pokémon GOについては個体値をチェックしてくれるサービス等が存在しており、今後のNiantic社の対応が注目されます。
なお、すでに日本でもTwitterにてアカウント停止されたというツイートがあるようですが詳しい原因までは確認できておりません。